順治第一任皇后是他的表妹，博爾濟吉特氏，因爲兩人性格不合，且這又是多爾袞爲他選擇的婚事，所以順治一直對她很不滿，後來終於找了個“皇后無能，故當廢”的理由把她給廢了。
廢了皇后，自然要立新皇后，新的皇后是廢后的侄女，也就是後來的孝惠章皇后，在順治十一年五月入宮，剛開始被封爲妃，才13歲的樣子，六月就被立爲皇后。
新皇后汲取了自己姑姑的教訓，在宮中謹言慎行，從不惹事，然而順治還是不喜歡她，尤其在順治十三年，內大臣鄂碩女董鄂氏入宮，深受順治喜愛，冊爲賢妃;十二月，晉董鄂賢妃爲皇貴妃。本來皇貴妃已經是個很高的位置了，順治卻還覺得不夠，想再次廢了皇后，立自己喜歡的董鄂妃爲皇后。無奈皇后謹慎本分，順治一直找不到理由。不過，皇后雖有皇后的頭銜，卻絲毫不得皇帝寵愛，更像是個傀儡皇后。
直到在順治十五年的時候，正想要不管不顧的廢后，然而孝莊卻堅決不同意，這才讓順治廢后的想法作罷，所以，皇后一直很尊敬和感激太后孝莊。
順治十七年，董鄂妃去世，順治帝悲痛欲絕，在十八年也崩逝了。年幼的玄燁繼位爲康熙，皇后也因此成了皇太后。
康熙二年，康熙的生母佟佳氏去世，作爲嫡母的皇太后位置，似乎更爲穩固，然而，她和康熙的關係，卻一直不冷不淡，維持着官方關係。直到孝莊去世的時候，才終於有了突破。
孝莊對皇太后而言，是她的親人，也是保住她皇后位置的人，更是她這麼多年來，在皇宮的依仗，所以孝莊去世的時候，皇太后哭的特別傷心。而對康熙來說，孝莊是輔佐他登基，幫着他穩定朝局的人，更是他敬愛的祖母，孝莊去世，他亦割辮哀痛以表孝思。這樣一來，康熙和皇太后之間，倒有了共同的話題，一下子拉近了兩人的關係，康熙開始真正由衷的尊敬這個嫡母。
二十八年，修建寧壽新宮，落成，康熙帝率諸王大臣請太后入居。
三十五年，康熙北巡，逢太后壽，奉書稱祝，太后亦遣送衣裘，康熙帝雖因河未冰不能服，仍上書表示待天寒必歡喜服之，又遣送水果乾並土產至宮中，令總管太監顧問行請太后嚐鮮。
三十八年，帝南巡，奉太后同行。而後，太后六十壽、七十壽，康熙帝均親制詞賦並大禮以祝，然太后均以尚儉故，停宴飲。
等等，雖然不是生母，康熙卻待她如生母一樣，給了她足夠的尊敬與尊榮。
康熙五十六年十二月，太后病重，康熙帝亦因廢太子事心力交瘁，頭眩足腫不能行，仍以帕裹足至寧壽宮親奉湯藥，太后昏迷之際，康熙帝跪於牀下，捧太后手呼曰"母后，臣在此"，太后聞言，張目而視，不能語，執帝手視之。後來，太后崩，康熙號慟欲絕，堅行割辮之禮，竟和當初祖母孝莊死前一樣。
孝惠章皇后，雖然終順治一朝，不得順治寵愛，且過了許多年獨居的深宮生活，但她前半生有孝莊護着，後半生有康熙敬着，一生安然，倒也算是善始善終了。
