日本蓄勢待發
日俄戰爭以日本勝利告終，在美國總統西奧多·羅斯福的調停下，日本與俄國於1905年9月5日簽訂了《朴茨茅斯和約》，日俄雙方宣佈停戰。在這份和約中，俄國承認日本在韓國擁有政治、經濟和軍事上的優越地位，不妨礙日本“指導、保護和監理”韓國政府所必須採取的一切措施。《朴茨茅斯和約》標誌着日本已經掃除了它將韓國變爲保護國的最後障礙。而在此之前，日本也得到了其他相關列強的支持，1905年7月29日，日本首相桂太郎與美國陸軍部長威廉·霍華德·塔夫脫在東京簽訂祕密協定，互相承認彼此在韓國和菲律賓的特殊權利。同年8月12日，日本與英國達成第二次英日同盟，英國承認日本在韓國的支配權。就這樣，得到了歐美列強的承認與支持，日本帝國主義在日俄戰爭結束後毫無顧忌地放手實施將大韓帝國變爲其保護國的措施。
1905年4月8日，日本內閣通過了《日韓保護協約》的草案;10月16日，日本外相小村壽太郎、首相桂太郎、駐韓公使林權助就逼韓簽約的過程問題舉行祕密會議;10月27日，日本政府正式通過了《關於確立韓國保護權的閣議決定》，規定11月初爲《日韓保護協約》簽字的最後期限。日本自知這個條約的強盜性質，閣議確立了依靠武力強行“保護”的方針，即向韓國首都漢城增派軍隊，當韓國政府拒絕締約時，作爲“最後手段”，單方面向韓國政府“通告保護權業已確立”，同時向列強“說明帝國政府採取此等措施系不得已的理由”，並聲明“不傷害”列強在韓國的“工商業利益”。就這樣，日本方面已經準備周全，開始將對韓國的“保護”付諸行動。
韓國自救失敗
以高宗李熙爲首的大韓帝國政府，在面臨日本侵略的空前民族危機之時，仍然執迷不悟，不敢發動羣衆抗日，而是一味寄希望於歐美列強的干涉和“國際保證”上，幻想以此自救。他們完全不知道列強已經承認日本支配韓國的事實。大韓帝國度支大臣李容翊在日俄戰爭前曾對《韓國的悲劇》一書作者說：“我們皇帝已宣佈中立，如果我們的立場遭到破壞，列強會自動地採取行動加以保護”。在這種幻想的引導下，韓國政府在《日韓議定書》簽訂後以爲美國會履行1882年《朝美修好通商條約》第一款的規定的義務，保證韓國的獨立，因此高宗皇帝曾透過韓國駐美使館顧問尼達姆(C. W. Needham)致函美國國務卿海·約翰，祈求支援，毫無效果。到《日韓保護協約》簽訂前夕，高宗聽到風聲後急派在韓國政府中任職的美國人訖法(H. B. Hubert)致函美國總統羅斯福，但羅斯福仍然置之不理，坐視日本將韓國變爲保護國。就這樣，面對日本的步步緊逼，韓國統治者只能束手待斃。
條約締結過程
1905年11月2日，日本政府以樞密院議長伊藤博文侯爵爲特使，以“慰問”韓國皇室的名義再赴漢城，而他真正的任務則是將日方早已擬好的《日韓保護協約》強加到韓國身上。他於11月9日抵達韓國，次日即進宮謁見高宗皇帝，向他遞交日本天皇的親筆信，內書：“朕爲維護東洋和平，特派大使，望服從大使之指揮。”隨後，伊藤博文又往來於漢城和仁川之間，頻頻出席各種宴席，大力收買“一進會”等韓國親日人士，讓他們發起“自願”受日本“保護”的運動。一進會的頭目宋秉畯、李容九等人便在伊藤的授意下發表宣言，攻擊韓國人民的反日情緒是“惑於羣小奸細之巧言，舞弄奸計……自招亡國之禍”，“發亡國之嘆者”，“是知其一不知其二”，並讚美道：“大日本皇帝陛下之慈仁聖德，夙爲內外所瞻仰，其國民重大道大義，……我若披誠接之，舉實應之，彼何獨行無道於我哉?”並警告道：“事已誤，時已晚……傷同盟之信義，必至不可測之境，又自招亡國之禍根”。他們要求同胞“一心同意”，接受日本的“指導保護”。這份所謂宣言將一進會的奴顏婢膝畢露無餘。
得到一進會做內應以後，伊藤博文更加肆無忌憚，於1905年11月15日進宮，逼高宗同意《日韓保護協約》，高宗雖然在早先的議會設立風波中對伊藤產生了一些好感，但在這種大是大非面前，高宗終究不能同意伊藤的要求。他在伊藤面前表現地異常強硬，表示寧可“殉社稷”也不會同意締結《日韓保護協約》。在這次長達4個小時的對話中，高宗表示：“所謂委任外交權一事，如果連形式也不予保存，豈非等同於奧地利之於匈牙利的關係，甚或使我國立於與最劣等國如非洲之於列強相同地位之感乎?”伊藤恫嚇道：“本案乃帝國政府經過種種反覆考慮而毫無變通餘地之確定案……亦爲斷不可改動之帝國政府之最終決議。今日須辦之要事唯在陛下之決心如何，承諾之拒絕之，悉聽尊便。倘拒絕之，帝國政府已有相應之決心，其後果究竟達至何處耶?大約貴國之地位將陷入比締結此項條約更深重之困難境地。陛下不能不清醒地意識到更爲不利之後果。”在得不到高宗允諾的情況下，伊藤博文又指示日本駐韓公使林權助等人對韓國政府成員重金收買和威逼利誘，李完用、樸齊純等5名大臣淪爲了日本的走狗，答應全力協助日本締結保護協約。只有參政大臣(總理大臣)韓圭卨等3人不同意，其中以韓圭卨抵制最力。他表示：“吾志已決，何論禍福”、“此身可殺，此心不可屈。日韓間開始進入最後較量。
1905年11月17日午前11時，林權助公使先招來韓國政府大臣在日本公使館開會，但到午後3時，不見結果。於是，林權助要各位大臣到宮中舉行御前會議，令其速決締約之事。當韓國御前會議舉行之際，慶運宮(今德壽宮)已被日本軍隊團團包圍，漢城各要衝佈滿日本警憲，戒備森嚴。宮中人員無不回想起乙未事變時閔妃被害的情形，皆驚恐萬狀，高宗知大勢已去，亦稱病不出。御前會議從下午3時開到晚上8時，在參政大臣韓圭卨的極力反對下，諸大臣皆不贊成締約。已被日本收買的李完用也不敢貿然贊成，跟着表示反對締約。於是韓國政府會議否決了日本提出的《日韓保護協約》。對於否決決議高宗沒有表示同意，而是命令諸大臣繼續和林權助交涉，採取拖延戰術。高宗派宮內府大臣李載克前往伊藤博文住處，希望暫時推遲談判交涉。
林權助見事態發展不順利，急忙要求伊藤博文出面干涉。伊藤博文也認爲：“事態愈遷延，紛擾愈大”。於是，伊藤決定“速戰速決”，偕同駐韓日軍司令官長谷川好道率大批日軍入宮，來到御前會議召開的漱玉軒。伊藤先要求見高宗，高宗仍以身體不適爲由拒絕見面，並讓政府八大臣與伊藤周旋。伊藤像審訊犯人一樣，輪番威脅韓國大臣表態，逐個要求他們回答“可否”。參政大臣韓圭卨堅決反對，怒斥伊藤，結果被日本軍強行拖出宮廷，拘禁在漱玉軒別室。此外法部大臣李夏榮、度支部大臣閔泳綺也表示反對。但是，已經被日本收買的學部大臣李完用、外部大臣樸齊純、軍部大臣李根澤、內部大臣李址鎔、農商工部大臣權重顯則表示“可”(這五人後來被韓國人民罵爲“乙巳五賊”)。在條約簽署現場的西四辻公堯後來記錄了當時的經過：“突然，韓參政哀嚎起來，他被帶到別室。此時伊藤侯看着他嘩啦大聲說：‘再麻煩下去的話，就殺了你!’進入條約簽署階段，但參政大臣依然未出現。伊藤侯若無其事地嘟囔着：‘是死了吧!’到場的閣僚中有兩三人懂得日語，聽到此話後，馬上互相耳語着，此事就傳開了。於是簽署之事就很順利地結束了。”伊藤宣佈韓國政府中以5人對3人，通過了《日韓保護協約》。
接着，伊藤博文命令宮內府大臣李載克奏請高宗批准條約，並派軍隊嚴密監視高宗，但沒有得到高宗的批准文書;於是伊藤又派日本見習外交官沼野與日本憲兵隊去大韓帝國外部官署搶奪官印。11月18日凌晨1時半，在應李完用的要求對日本的草案作出部分修改(如保證韓國皇室安寧等)後，由日本駐韓公使林權助與韓國外部大臣樸齊純在慶運宮重明殿簽訂。然而，條約原本的右端首排漏掉了名稱，足見簽訂之時多麼倉促。因此，日韓對這個條約稱呼各異，沒有統一名字。日本一般稱之爲《第二次日韓協約》或《日韓保護協約》，韓國則稱之爲《韓日協商條約》、《乙巳條約》(1905年按干支紀年爲乙巳年)等。又由於這是在日本人的武力勒逼下籤訂的，所以韓方又稱該條約爲“乙巳勒約”。《乙巳條約》的簽訂標誌着韓國終於淪爲了日本的保護國，也就是事實上的殖民地。
