生於日本石川縣河北郡的一個大地主家庭。小學畢業後，於1883年入金澤師範學校，1886年轉入專門學校，第2年該校移交官辦，改名爲第四高等學校。西田在中學時即對當時的立憲運動抱有熱情，閱讀了民主思想家福澤諭吉的著作，1889年明治憲法頒佈時與一干同學拍照留念。可惜後來作爲維新元老的薩摩長州藩閥同盟阻礙了日本走上健全的憲政國家道路。1890年開始在所有學校重要活動上宣讀的的《天皇教育敕令》(教育ニ関スル勅語)將對天皇、國家的忠誠等保守的儒家價值觀設立爲學生倫理準則，西田對此非常反感，與同學一起退學以示抗議，在家進行自學;以後由於父親的事業破產，他喪失自學的條件，不得已於1891年轉入東京帝國大學哲學科選修科。
畢業後，1895年回鄉任中學教員，第2年轉任第四高等學校講師。不久,因家庭矛盾和學校糾紛，精神上的壓力使他越來越遠離政治，轉向佛教並決心參禪，從1897年起過着以打坐爲中心的孤獨思索生活，1903年開始正式研究哲學。對費希特、黑格爾乃至當時德國影響最大的現象學均有了相當瞭解。1909年他到東京任學習院教授;第2年任京都帝國大學文學部副教授，1911年他出版《善的研究》，開始構建以後來提出的“絕對無”概念爲核心的哲學體系，1913年擔任京都大學宗教學講座教授，並獲得文學博士學位。轉而升任哲學史第一講席教席，與同事田邊元、學生西谷啓治一同創建了京都學派。1928年退休。
然而時局的變化使西田無法繼續置身政治之外，當軍國主義建立起專制政權時，作爲日本哲學界泰斗，他已不可能擺脫現實政治的干擾。美濃部達吉事件後不久，教育部設立教育與學術復興委員會，西田與同事田邊元、和辻哲郎被要求參加。他和這個委員會的教育改革思想完全對立，對此只能消極應付。1936年二·二六事件讓西田明確意識到軍國主義將把日本引向災難，但次年他在貴族學習院任教時的幾位學生近衛文麿、木戶幸一和木村毅擢升爲政要後，不得不在後者的邀請下進一步捲入政治漩渦。這一年，日本全面侵華戰爭開始，西田和他的這幾位學生尚且還對軍方主導的擴張政策持批評態度，西田發表演講，呼籲尊重世界上諸民族的多樣性，在給木村毅的信中他寫道：“我想我們必須思考處於世界中的日本，不僅僅是日本的日本，否則像‘大亞細亞主義’之類的東西將毫無意義……”1940年時任首相的近衛文麿提出大東亞共榮圈的主張，可以看到西田思想的影響。木村毅甚至安排老師與海軍將領高木惣吉會見，希望他能影響軍方開明派。但西田對於介入政治仍保持謹慎的態度，他小心地與當局的極端民族主義說辭保持距離，發表數篇文章試圖批判地評論日本帝國主義和極端民族主義的重要文獻《國體本義》。這些努力卻又不見任何效果，儘管他擁有給天皇做新年演講的殊榮。
相反，他的京都學派同仁們紛紛投身政界。和辻哲郎積極參加教育與學術復興委員會的活動，參與撰寫了臭名昭著的《國體本義》。三木清成爲近衛文麿新秩序運動的智囊。尤其是京都學派的另一位奠基者田邊元在教育與學術復興委員會有着舉足輕重的地位，他還鼓勵學生獻身帝國戰爭，發表了一系列軍國主義的宣傳文章，爲日本的軍事擴張政策提供了一套黑格爾式的哲學說辭。1940年西田私下對一位學生說：“田邊這傢伙完全是個法西斯!”
從近衛文麿受西田等知識精英的大亞細亞主義影響提出大東亞共榮圈的美麗說辭，到田邊、西谷們主動建構共榮圈理論、爲戰爭辯護，京都學派哲學家在急於成爲黑格爾一樣的時代精神代言者之路上越走越遠。到了1943年，西田也更深地涉足政治活動。與此前一直與較爲開明的海軍高官保持聯繫不同，這一年他受到陸軍邀請參加國家政策研究中心會議。懷着有可能影響東條英機政府的心態他在會上提交了《新世界秩序原理》一文，但文章很快以難以理解爲由被退回。西田將文章交給田邊，請他加以簡化改寫。田邊改寫後的文章被轉交給東條英機及陸海軍總長，西田則一直擔心改寫後的文章是否能向這些權力執掌者準確傳達他關於日本精神不是囿於國粹、而是具有環球視野的理念。不過無論掌權者們是否理解了他的思想，東條英機於是年11月大東亞會議上的發言很快讓他徹底失望。《新世界秩序原理》一文卻讓西田在戰後背上與日本極端民族主義同流合污的罪名，儘管他已於1945年戰爭結束前去世。
然而無論是西田這位失敗的政治異議分子，還是可能也懷有一個“和平崛起”的日本之夢的田邊與其他京都學派成員，無論他們從理論上構建出多麼完美的國家與世界圖景，在政治強權和武裝暴力面前他們毫無力量可言。西田本人雖然德高望重，從1944年起也因爲“過於西化”的言論受到教育部思想審查機關的監視。三木清和日本戰前最重要的馬克思主義者戶阪潤這兩位曾經的京都學派成員更是在戰爭結束前慘死獄中。京都學派哲學家們更無法無視的是軍部專制在日本國內及國外犯下的種種罪惡。
