儘管西班牙的競爭對葡萄牙的壟斷造成了威脅，但葡萄牙的探索與殖民依然在繼續進行着。葡萄牙人是第一批抵達日本並與該國展開貿易的歐洲人。在曼努埃爾一世國王的統治下，葡萄牙王國爲繼續控制其宣稱擁有的土地和貿易路線制定了詳細的計劃，他們的策略是在通往東方的主要航道上修建一系列的要塞。這樣的要塞與殖民地有黃金海岸、羅安達、莫桑比克、桑給巴爾、蒙巴薩、索科特拉、霍爾木茲、加爾各答、果阿、孟買、馬六甲、澳門與帝汶。此外，葡萄牙人還統治着巴西，這片土地於1500年由葡萄牙人佩德羅·阿爾瓦雷斯·卡布拉爾發現。根據1494年的《托爾德西里亞斯條約》，巴西被“劃分”在了葡萄牙的一側。
葡萄牙的本土位於伊比利亞半島沿海地區，難以向內陸擴張。隨着時間的過去，過於窄小的本土極大地限制了它的擴張能力，令它無論在財政還是人力上都顯得越來越力不從心。此外，分佈於全世界的葡萄牙要塞長期面臨着人力與裝備缺乏的處境。因此，葡萄牙無法與其他更加強大的勢力競爭，其殖民地與貿易註定要被他國蠶食，它在東方貿易中的壟斷地位已不再長久。葡萄牙在東方霸權的衰落肇因於荷蘭、法國和英國的探索的展開：這三個國家在教皇劃分世界的時候並未參與其中，因此它們沒有遵守葡西間條約的必要。1580年，西班牙國王腓力二世以葡萄牙前國王塞巴斯蒂昂的合法繼承人的身份兼任了葡萄牙的國王(腓力二世是葡萄牙國王曼努埃爾一世的外孫)。合併後的帝國又因爲過於龐大而失掉了它的絕對優勢，無法應對來自新興勢力的競爭。
在西非、中東與遠東地區，英國與荷蘭逐漸蠶食掉了葡萄牙的一部分殖民地。孟買在後來被作爲結婚禮物贈送給了英國。只有澳門、東帝汶、果阿、安哥拉、莫桑比克與巴西還在葡萄牙的實際控制之下。荷蘭人曾經奪取了巴西將近一半的土地，但最終還是被葡萄牙人奪回了。
