賈耽出身於仕宦世家。賈耽從小喜歡讀地理書籍，喜愛騎馬射獵。青少年時期勤奮讀書，博聞強記 。
天寶十年(751年)，22歲的賈耽以通曉兩經登第，從此走上仕途。
乾元元年(758年)，賈耽出任貝州臨清(今河北清河)縣尉。不久，又轉任絳州正平(今山西新絳)縣尉。在處理日常政務中表現出色，得到太原尹王思禮賞識，升任度支判官。後轉任試大理司直、監察殿中侍御史。
上元二年(761年)，賈耽升任檢校繕部員外郎兼太原少尹、侍御史、北都副留守、檢校禮部郎中。
大曆八年(773年)，賈耽被調任爲汾州刺史，在任七年。
助平叛亂
大曆十四年(779年)，賈耽升任鴻臚卿兼左右威遠營使，負責接待外國使節和出使歸臣的工作。同年十一月五日，轉任檢校左散騎常侍兼梁州刺史、山南西道節度觀察度支營田等使，加朝議大夫，封廣川男。時值山南東道節度使樑崇義起兵謀反，賈耽受命進屯谷城，攻取均州。賈耽榮立軍功，加封銀青光祿大夫。
建中三年(782年)十一月，任檢校工部尚書兼襄州刺史、御史大夫、山南東道節度觀察使(山南東道節度使)。
建中四年(783年)四月，荊南節度使張伯儀出任淮西應援招討使，賈耽與江南西道節度使、曹王李皋一同任應援招討副使。
興元元年(784年)三月，德宗逃至山南西道，賈耽派行軍司馬樊澤前往行在拜見德宗。樊澤返回後，賈耽正召集諸將舉行宴會，突然有緊急文書傳到，命樊澤接替賈耽任節度使，賈耽改任工部尚書。
擔任宰相
貞元元年(785年)二月，賈耽前往東都(洛陽)宣慰百姓。六月，兼御史大夫、東都留守、判東都尚書、東都畿汝州都防禦觀察等使。
貞元二年(786年)七月，加任東都畿唐、汝、鄧都防禦觀察使。同年九月十一日，任檢校尚書右僕射兼滑州刺史，充義成軍節度、鄭、滑等州觀察處置等使(義成軍節度使)。
貞元九年(793年)，賈耽以六十四歲高齡奉詣入覲。同年五月二十七日，任尚書右僕射、同中書門下平章事。“朝廷爲之寶，廓爲之重，天下以之信向，蠻夷以之懷來，加金紫光祿大夫”。而後轉任左僕射，依前平章事，遷檢校司空，賈耽正式擔任宰相。
潛心地理
貞元十二年(796年)，賈耽因健康原因，首次上表提出辭呈。表曰：“荏苒四年，昧於攝生，素有多病。眼有盲膜之疾，耳聞風雨之聲。自趙憬雲亡，盧邁染患，忽忽驚悸。舊疹頓加，屍素之中，視聽不逮。……省躬量力，誠所不任。非求退讓之名，實爲官謗所迫。伏希聖鑑俯察懇誠，無任惶迫切之至。”德宗沒有批准。
貞元十三年(公元 797 年)，賈耽又以因健康原因提出辭呈，德宗仍然沒有批准 。
貞元十七年(801年)，賈耽經過長達三十多年的積累，完成了《海內華夷圖》及《古今郡國縣道四夷述》四十卷，進獻朝廷。其中《海內華夷圖》是中國歷史上第一幅大型地圖。在製圖技術上，創墨朱殊文製圖法。
屢乞骸骨
永貞元年(805年)，唐順宗即位，賈耽轉任左僕射，依前平章事，遷檢校司空。賈耽厭惡王叔文一黨當權，便託稱有病，不再出門。賈耽的健康每況愈下，病疾日益嚴重，於三月二十一日、二十七日、五月二十日、七月二十日、八月八日、十月一日，他接連六次上表請求退職， 陳述“殘年沈療，漸不支持”，“顧茲朽質”，“枕蓆纏綿，形神消耗”， “大病之期，晦明難保”，“伏乞賜臣骸骨，收臣印綬”，“無任量力懇 迫之至”。可是，順宗還沒有批准。
永貞元年(805年)十月一日(10月26日)，賈耽於長安(今陝西西安)光福裏的私宅中病逝，享年七十六歲。賈耽居相位13年。唐憲宗爲其輟朝四日，冊贈太傅，諡號“元靖”，贈絹一千匹、米粟一千石，葬於長安高陽原。
隱諱其詞
唐朝時由於黃河年年氾濫，賈耽駐守滑臺的時候，命人在城北修了一個八角井以鎮黃河。井修好了，賈耽專門派人在井邊守着，想聽聽人們的意見。果然，有個老頭走過來問：“這是誰鑿的井?”答曰：“賈相公。”老頭嘆口氣說：“質量還不錯，可惜啊，近東、近西、近南、近北。”人們聽得一頭霧水，趕緊報告到賈耽那裏。賈耽想了想說：“哦，他是嫌我的井太 。”
大冢尋糧
賈耽擔任義成軍節度使時，適逢天大旱。賈耽召見軍中兩位大將，對他們說：“正值荒年，勞煩二位去拯救百姓。”二位將軍說：“只要是有利於軍隊和民衆的事，萬死不辭。”賈耽笑着說：“你們受點委屈走一次長路。會有兩個騎馬的人，穿暗紅色的衣服，騎的馬邁蕃步披長鬃。他們經這市鎮出城，你們要跟蹤他們去。暗中觀看確定他們消失的地方，我們的事情就成功了。”於是兩人就帶着乾糧，穿上黑衣，去尋找那兩個人，果然看見兩個騎馬穿紅衣服的人，經過鬧市到野外去了。那兩人走了二百多里路，在一座大墓前一閃就消失了。兩位將軍壘起幾塊石頭作爲標記，連夜返回。賈耽聞訊後大喜，派出幾百人，全都帶着鐵鍬、箕畚，同兩位將軍一起前往挖掘古墓，獲得陳糧數十萬斛。人們怎麼也猜測不出，賈耽是如何知道此處存糧的。
村叟尋牛
賈耽爲相時，以忠直磊落態度輔佐皇上，凡有尚未萌發的災福，定能根治消除。至於陰陽星相占卜之類，他也無不通曉。有個農民丟失了一頭牛，到桑國師那裏占卜，卦成之後，桑國師對他說：“你的牛，是賈相國偷了去放在巾帽盒裏了。你只要等候上朝時突然到他面前將此事告訴他就行。”
這個老農就按國師的話去見相國。相國盤問他，便將算卦人的話告訴了他，相國在馬上大笑，爲他打開巾盒，取出式盤，在馬鞍上運轉給他看，過了一段時間，對丟牛的說：“我沒偷你的牛，要想知道牛的去處，只要在安國觀三門後面大槐樹梢上的鵲窩去取就行。”老農徑直來到三門，見槐樹梢上果然有鵲巢。爬上去一看，毫無所獲，便從樹上下來。低頭一看，丟失的那頭牛正在樹根下，用繩拴着吃草，草的旁邊就是偷牛人的家。
