邴原十一歲時父親去世，家中貧窮，又早早成了孤兒。他家隔壁有學堂，邴原經過學堂旁就哭泣。老師問他說：“小孩子悲傷什麼?”邴原說：“孤兒容易傷心，窮人容易感懷。那些學習的人，必定都是父兄都有的人，一是羨慕他們沒有成爲孤兒，二是羨慕他們能夠學習，心裏悲傷，因此流淚。”
老師也爲邴原的話哀傷，說：“想讀書，可以啊!”邴原回答說：“沒有學費。”老師說：“孩子如果有讀書的志向，我白教你，不要學費。”於是邴原就入了學。一個冬天的時間，便將《孝經》與《論語》背誦下來。
避亂遼東
邴原年輕時與割席斷義的管寧齊名，二人都以節操高尚著稱於世，州府下令徵召他們出任官職，兩人都一樣不願爲貪圖榮華富貴去做官。黃巾起義爆發後，邴原將家屬安置在北海城內，自己避進鬱洲山中。
當時，孔融任北海國相，舉邴原爲有道(察舉制中的特舉科目)。邴原認爲黃巾軍勢力興盛，於是前往遼東郡，與同郡人劉政都富於勇略雄氣。
救助劉政
遼東郡太守公孫度畏懼厭惡劉政，想殺死他，將其全家都拘捕了，劉政得以脫身。公孫度通告各縣：“敢有窩藏劉政的人，與劉政同罪。”劉政窘迫危急，前去投奔邴原，邴原把他藏了一個多月，當時避居遼東的東萊人太史慈正要返回中原，邴原於是把劉政託付給了太史慈，然後對公孫度說：“將軍前些日子要殺劉政，把他當作自己的禍害，現在劉政已經離去，您的禍害難道不是已經除去了嗎?”公孫度說：“是這樣。”邴原說：“你所以害怕劉政，是因爲他有智謀。現在劉政已經脫身，他的智謀將得到使用，爲什麼還拘押劉政的家屬呢?不如赦免了他們，別又結下一仇怨。”公孫度於是放出了劉政家屬，邴原又出資把他們送到劉政家裏，使他們都得以返回原郡。
邴原在遼東郡，一年內前往歸附居住的人有幾百家，遊學的士人，教授學問的聲音，絡繹不絕。
迴歸中原
後來，邴原得以從遼東返回，曹操徵召他爲司空掾。
建安十三年(208年)，曹操的愛子曹衝突然病逝，曹操傷心欲絕。正好邴原的女兒也在這個時候病死，曹操想要求將曹衝與邴原的女兒合葬。邴原推辭說：“合葬，是不符合禮儀的。邴原之所以追隨明公，明公之所以接納邴原，是因爲都能遵守規則制度，決不改變的緣故。如果我這次聽從了明公的命令，那就會變得平凡庸俗，明公難道認爲這事值得做嗎?”曹操於是打消了這個念頭。
建安十五年(210年)，曹操調邴原爲丞相徵事 。
東曹掾崔琰曾在自己推讓官職的奏記裏說：“徵事邴原、議郎張範，都秉賦德行純正美好，志向行爲忠正端方，清廉潔淨足可以激勵凡俗，堅貞自守足以求取事功，正是所謂龍鳳的羽翼，國家的重寶。推舉任用他們，將使不講仁德的人遠遁。”
曹操出征時，經常留下邴原與張範，與曹丕一同居守。曹操對曹丕說：“有什麼事情要多向這二人討教。”於是，曹丕對邴原與張範執子孫禮。曹丕有次宴請賓客，酒酣之時，曹丕出了道難題：“君主和父親各自都有疾病，救命的藥丸只有一顆，是當救君上呢?還是當救父親呢?”衆說紛紜，自然有許多人願意在太子面前表露忠心，偏偏邴原一言不發。曹丕問邴原這個藥丸究竟該給誰?邴原回答道：“父親!”曹丕也沒有責難他。
邴原後代替涼茂爲五官將長史，他閉門自守，不是公家事務不出門參與。曹操征討孫權時，邴原隨軍出發，不幸於途中病逝。
軼事典故
拜訪孫崧
邴原在幼年時，就聰明、有特異之處。等到長大，他的品行如金玉一般美好。想要遠行求學，拜訪了安丘孫崧。孫崧推辭說“您家鄉的鄭君，您知道嗎?”邴原回答說：“是的知道。”孫崧說：“鄭君學貫古今，博聞強識，能探求深遠的學問，真是學習者的老師和楷模。您卻捨棄他，跑了一千里路來找我，這是所謂把鄭君當作東家丘的做法。您好像不知道鄭君而說知道，是什麼原因。”邴原說：“先生的話，真可以說是苦藥良針了，但還沒有完全瞭解我的內心志向。人各有自己的志向，各人打算不同。所以纔有登山採玉的人，有入海採珍珠的人。怎麼能說登山的人不知道海深，入海的人不知道山高呢?您說我把鄭君當作東家丘，您認爲我是西家的愚夫嗎?”孫崧向邴原致了歉，又說：“兗州、冀州的士人，我認識很多，沒有像您這樣的。我應該用書信來爲你作訪學求師的媒介。”邴原看重孫崧的好意，難以推辭他的介紹信，就拿着信告別了。邴原心裏認爲拜求老師、開導學問這樣的事，志向高遠的人之間自然能夠相契合，不像交朋友這樣的事要靠介紹來完成。信有什麼用呢?於是把信藏在家裏，就出行了。
戒酒苦學
邴原很喜歡喝酒，但想到喝酒會荒廢學業，就毅然下定決心戒酒。
邴原在外遊學八九年之久，他常常通宵達旦地和摯友高談闊論，和名師一起談詩論道。俗話說：“酒逢知己千杯少。”每逢有人勸酒，邴原都是隻望一眼酒杯，然後含笑搖手，表示自己不會飲酒。其實邴原是爲了不荒廢學業才剋制自己，滴酒不沾的。學成回鄉後，邴原廣收門徒，爲了盡心教學，他仍是酒不沾脣。在邴原耐心地教誨下，門徒中有幾十人學得非常精深，成爲當時有名的學者。
