在朝上，慈禧拿出有人彈劾他是康黨的奏摺給他看，沒想到李鴻章硬嗆嗆地說:“若舊法能強國，吾國早已強矣。即變法則爲康黨，臣罪無可逃，臣實是康黨。”
1898年9月，光緒的一個雷霆動作引發了軒然大波。
9月初，禮部一個與康有爲關係密切的六品主事王照看到皇帝與太后關係微妙，大膽上了一個奏摺，建議光緒母子二人出訪外國，並以日本爲出訪的第一站。禮部尚書懷塔布認爲奏摺太出格，便將奏摺扣下。光緒知道這件事後，大發雷霆，認爲禮部尚書無端阻撓言路，將禮部尚書懷塔布、許應與另外四個侍郎一同革職，讓王照連升三級，官至三品，以示激勵。
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緊接着，光緒又下了一道更令人驚駭的聖旨:任命四位新軍機章京，他們是:內閣候補侍讀楊銳、刑部候補主事劉光第、內閣候補中書林旭和江蘇候補知府譚嗣同。明確規定:所有奏章，由4人圈閱;所有上諭，均由4人擬定。原來的王公大臣和軍機處之軍機大臣，被擱置一邊。這樣處理問題的方式雖然表示了光緒帝的變法決心，但明顯暴露出光緒在處理事務上的草率和魯莽。畢竟，名不正而言不順，以區區四品，怎麼指揮那些一品二品大臣呢?朝廷老臣頓時不滿，他們紛紛跑到頤和園向太后哭訴。
沒過幾天，事情輪到在家賦閒的李鴻章了，光緒突然下詔:罷免李鴻章總署大臣之職，令其勿在總理衙門行走。
接到聖旨的李鴻章不由得啼笑皆非，此時，李鴻章已基本賦閒在家了。
在此之後的局面更不可收拾了。大約是光緒自感壓力很大，維新政策推不動，整日在宮中大發雷霆，弄得手下大臣和太監惶惶不可終日。朝廷老臣們不敢怪罪於光緒皇帝，於是，便遷怒於那些變法的維新黨人。時間到了9月下旬，北京的政局變得更加微妙了。慈禧憑着豐富的政治經驗，感到維新局面的漸漸失控，感到了威脅的陰影。而這時候，光緒方寸大亂，不知要做些什麼，並且，一意孤行聽不得別人的意見。
更讓人覺得鬼使神差的，可能是光緒預先知道危險信號了，他突然下旨，讓康有爲離開京城。到了下旬，一件事情讓頤和園的慈禧覺得非常震驚——日本前首相伊藤博文訪華，光緒安排20日在宮中接見他，外界傳聞光緒擬聘伊藤博文爲清國維新顧問;同時擬邀擔任清國顧問的，還有美國人李提摩太。這樣的說法讓慈禧很生氣，畢竟，伊藤和日本是清國的仇人，舊恨未消，皇上卻私下有這樣的打算，實在有傷體統!慈禧一直是一個愛面子的人，在她看來，面子是做人最根本的，更讓慈禧感到危險的是，有人報告，光緒召見了駐紮在天津小站的新軍首領袁世凱!
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9月20日這一天在一種微妙無比的氣氛中度過:早晨，光緒在宮中第三次召見袁世凱;上午，康有爲離開了生活數年的南海會館，悄然“奉旨出京”;中午，袁世凱乘火車回到天津;下午，光緒接見了伊藤博文，會見的同時，慈禧在屏風那邊聆聽。21日，慈禧宣佈重新訓政，下令捉拿“結黨營私、莠言亂政”的康有爲、康廣仁兄弟。24日，朝廷宣佈將張蔭桓、徐致靖、楊深秀、楊銳、林旭、譚嗣同、劉光第革職治罪。26日，上諭派御前大臣會同軍機大臣、刑部、都察院審訊此案。28日，軍機大臣傳諭刑部，將譚嗣同等6人一起綁赴菜市口正法。被殺的6人，史稱“戊戌六君子”。
維新的結果真的被李鴻章預料到了。變法由於缺乏必要的手段，缺乏根基和策略，缺乏縝密的實施方案，缺乏方向性，也缺乏爭取與妥協，最後不可避免地變成帶有悲壯意味的一廂情願和一意孤行，導致了最後的失敗。在賢良寺，李鴻章在第一時間裏聽到了這樣的變故，驚詫之餘，李鴻章也頗爲難過。對於維新改革，李鴻章的內心一直很複雜。畢竟，戊戌變法是應該邁出的一步，而這第一步剛剛邁出，就輸得一塌糊塗。
那段時間裏，李鴻章一直把自己緊閉在賢良寺中，他既沒有參與慈禧幽禁光緒的行動，也沒有發表同情光緒維新的言語。他與這一切都保持着距離，只是暗中設法保護一些“新黨”人士。9月24日，李鴻章宴請伊藤博文及其隨員大崗育造，酒過三巡之後，談起康梁變法。李鴻章先是試探伊藤博文的態度，然後爲康梁辯解說:“論其罪狀，無非煽惑人心，致於衆怒。”對於朝廷重責的罪人，李鴻章的看法還是與他們不一樣，只是輕描淡寫地帶過，並且預言:康梁日後必大有作爲!
不過老辣而狡猾的李鴻章還是藉助於維新變法的失敗讓自己東山再起了。政治就是一種多人圍坐的撲克牌局，即使是同仁身敗名裂，自己仍可以從中獲利。李鴻章是深諳政治牌道的。1898年11月，朝廷在平息了戊戌變法之後，打算廢立光緒，慈禧最擔心的是洋人們集體干涉，於是派榮祿來李鴻章這裏，想讓李鴻章打探消息，安撫洋人。李鴻章就湯下麪說:“洋人直接的態度可能難以直接問起，不如任命自己爲兩廣總督，這樣，各國領事就會來祝賀，到那時，就好跟洋人們溝通了。”榮祿回去後向慈禧轉達了李鴻章的意思。平息了維新變法的風波之後，慈禧此時正想借助於老臣們的力量穩定政局。這種情況下，上諭很快就下了，李鴻章東山再起，被任命爲兩廣總督。李鴻章愉快地接受了這樣的任命。
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冬日的陽光下，李鴻章在賢良寺的門廊裏迎接着英國公使竇納樂的到來。英國公使首先祝賀李鴻章被重新任命，說自己是特意來爲他送行的。李鴻章爲公使安排了家宴，在酒宴上，竇納樂突如其來發問道:“聽說貴國要廢掉光緒皇帝?”
問話的同時，竇納樂死死地盯着李鴻章的臉，試圖在這張蒼老的面容上尋找一些蛛絲馬跡。李鴻章沒有任何表情，只是用一種標準的外交辭令溫和地說:“公使大人，我想，無論如何，這應該是中國的內政問題吧?”竇納樂也不甘示弱，一板一眼地說:“我是大英帝國的駐華公使，如果以後有外交上的交涉，關於中國的最高元首，除了光緒皇帝之外，大英帝國不承認別的什麼人。”李鴻章點點頭，他算是明白英國公使的態度了。
值得一提的是，在對待維新變法的事情上，李鴻章一直堅持着自己的看法，絲毫也沒有因爲朝廷對於康有爲的態度而改變。戊戌變法失敗之後，各地紛紛奉懿旨捉拿康梁。準備就任兩廣總督的李鴻章臨走前晉見慈禧謝恩，在朝上，慈禧拿出有人彈劾他是康黨的奏摺給他看，沒想到李鴻章硬嗆嗆地說:“若舊法能強國，吾國早已強矣。即變法則爲康黨，臣罪無可逃，臣實是康黨。”慈禧沒料到李鴻章竟這樣回答自己，一驚之下，竟不知怎麼把話題問下去了。李鴻章到了廣州之後，又有人向他請教對康有爲的看法，李鴻章再次脫口而出:“朝廷意抓康黨，爾等無需怕，吾即是康黨!”把在場的人嚇了一大跳。
在這件事上，李鴻章可以說是悲憤交加，對於朝廷如此對待改革者的方式，李鴻章傷透了心。從本質上說，李鴻章一直是比較有個性的人，只是在很多時候，出於各種各樣的利益和權衡，李鴻章將個性隱藏了起來，給人一個老謀深算的印象。在經歷一系列大起大落之後，77歲的李鴻章已覺得無所謂了，他看透了清國腐朽而頑固的做派，也對這個風雨之中的朝廷深感失望。儘管李鴻章與康有爲在很多地方的觀點不盡相同，方法也不盡相同，但康有爲們遭到的下場，不免讓李鴻章傷透了心。在這樣的情況下，李鴻章冒出這樣的話來，也不足爲怪了。
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不僅如此，在對待康梁問題上，李鴻章還有一系列相應的行動。當康有爲和梁啓超流亡國外，驚魂未定之時，令他們感到意外的是，他們竟收到了李鴻章託人捎來的“問候”，甚至還收到了李鴻章的一封親筆信，在信中，李鴻章勉勵康梁“精研西學，歷練才幹，以待他日效力國事，不必因現時境遇，遽灰初心”。一個清國顯赫地位的高官如此慰問流亡海外的朝廷通緝犯，自然讓人感動。康梁急忙回信，以表達自己的感激心情。對於康梁，李鴻章確實是有“私愛”的，不管是對維新黨人的同情也好，還是給自己留後路也好，李鴻章最起碼錶現了自己的勇氣和主見。中國的確需要關鍵時候能夠立得起來的人才，需要有新觀念、新思想，有想法，有膽略的新式知識分子，李鴻章幻想着有朝一日如果真正地對清國進行改造的話，那麼像康梁這樣的人才，是必然要用的。
1900年1月，在賢良寺居住了5年之久的李鴻章離開了京城。在接到朝廷的任命書後僅10天，李鴻章就帶着他的三眼花翎，像一隻候鳥一樣飛去了南方。
