查士丁尼瘟疫，指的是發生在拜占庭皇帝查士丁尼在位期間發生的瘟疫，因此被稱爲“查士丁尼瘟疫”，與之後的黑死病瘟疫做以區分對待。查士丁尼瘟疫發生的時間是公元五百四十一年，發生區域爲地中海地區。他是世界範圍內發生的第一次大規模鼠疫，加速了拜占庭帝國地衰敗進程。瘟疫發生時出現了很多人們認爲詭異恐怖的狀況，兩個正在互相交談的人，突然間身體搖擺，倒在了地上。人們在買東西的時候，也會感受到死亡不期而至的壓抑。鼠疫感染的地區和街頭，貧苦流浪人員最先受到死亡威脅。由於沒有很好的應急免疫處理方案，拜占庭帝國在瘟疫來臨時無比慌亂，社會經濟急劇動盪。
查士丁尼簡介中有大量關於當時社會狀況的寫實畫，由於死亡人數太多，甚至已經找不到足夠埋葬的地方，有的屍體就堆在大街上，整個城市飄散着屍臭味。從查士丁尼瘟疫簡介中，我們看到不僅僅是百姓，達官貴族，甚至是查士丁尼皇帝也遭到了瘟疫的感染。因爲恐懼，他重金招聘工人建築埋葬屍體的大墓來阻止疫情擴散，無論男女老少，貧富貴賤，最終都是疊疊層層的埋在一起。查士丁尼瘟疫蔓延了半個世紀，這次瘟疫粉碎了查士丁尼擴張的雄心，也讓東羅馬帝國走向衰亡。
查士丁尼瘟疫是鼠疫和跳瘙帶來的細菌引發的，最初發源地在何處已經很難界定，但是關於查士丁尼瘟疫的引發原因卻沒有什麼爭議，在現在科學看來很容易防治的細菌擴散，在科技並不發達的年代卻葬送了一個帝國的前程。查士丁尼瘟疫是由於從肯尼亞烏干達等地帶來的鼠疫引起的，人們按照現代疾病的起源地角度分析出了查士丁尼瘟疫的起源地，順着尼羅河從中非到北非。查士丁尼瘟疫的狀況和引發原因都和“黑死病”類似，因此我們可以推斷，兩者都是起源於中非大草原熱帶地區動物細菌和病變。
關於查士丁尼的引發原因，還有另外一種說法，發病根源同樣是鼠疫，但是傳播渠道不同。即促使瘟疫引發跟“海上絲綢之路”的開闢有關係。波斯人強大來之後霸佔了路上絲綢之路，爲了恢復東西方之間的貿易，東羅馬帝國與東方交流開始轉戰海上。線路是從印度東部出發，繞過印度半島，在這裏，引發查士丁尼瘟疫的跳蚤和老鼠遇到了埃塞俄比亞人。埃塞俄比亞是天生的中介商，他們將印度、中國帶來的香料瓷器轉銷到羅馬帝國和非洲地區。在埃塞俄比亞收穫黃金的同時，怎麼也不會想到自己成了跳蚤和鼠疫的“搭載器”，最終引起了查士丁尼大型瘟疫。東羅馬帝國雖然龐大，但是排水系統和地下管網混亂，讓這場瘟疫的延續範圍更廣。
查士丁尼瘟疫的直接影響就是導致了拜占庭帝國和中海岸地區人口銳減，不僅改變了中世紀的人口結構，也改變了人口分佈圖，在查士丁尼瘟疫中死亡的人數將近四十五萬人，相當於龐大的東羅馬帝國三分之一的人口，有的城市甚至無一生還。查士丁尼瘟疫導致了拜占庭帝國經濟結構的變化，嚴重的通貨膨脹和農業荒廢引起的饑荒遍佈整個帝國。關係到帝國命脈的經濟作物也產量驟減，由瘟疫發生時，很多農民都死亡，導致農作物無人收貨，城市農村幾乎沒有人煙，農村的糧食源頭斷了，城市的糧食鏈條自然斷裂，手工業停滯，物價飛漲，雖然拜占庭帝國發佈了限制物價上漲的法令，但是物資短缺卻沒法緩解。
查士丁尼瘟疫的影響還體現在社會矛盾尖銳，人口死亡帶來的是勞動力的流失，國家財政稅收沒有辦法收上來，福利事業就沒法進行，很多醫護人員的死亡率居高不下。雖然在一開始查士丁尼命令賑災，但是國庫很快就空虛了，迫不得已之下開始縮減教師和醫生的薪酬，伴隨的稅收仍然不變，人們負擔變重，讓統治階級的離心力加速。查士丁尼瘟疫的影響同樣體現到了軍隊上，大量拜占庭士兵的死亡導致作戰計劃幾乎沒法實施，到了後期嚴重的時候，敵方也被瘟疫感染。爲了擴充軍隊人員，拜占庭帝國吸收外來人員到軍隊，但是忠誠度就很保證，軍事實力迅速下滑。
