倫敦大瘟疫是一場1665年至1666年間發生在英國的大規模傳染病爆發，超過8萬人死於這次瘟疫之中，足足相當於當時倫敦人口的五分之一。該次的疾病後來被確認爲是淋巴腺鼠疫，一種由鼠疫桿菌造成並以跳蚤爲載體的細菌感染。倫敦大瘟疫與1347年至1353年期間侵襲全歐洲，並導致最少7,500萬人死亡的黑死病相比規模要小得多，這場前後擾攘大約一年的流行病被人們形容爲大災難的原因，很大程度是由於它已經是英國本土最後一次廣泛蔓延的鼠疫，之後隨着英國政府着手改善地區衛生條件，鼠疫對英國民衆的威脅也逐漸消失。
倫敦大瘟疫是英國本土最後一次大型的鼠疫傳播，此前在1636年及1625年發生過的兩次則分別奪去了一萬和三萬五千人的性命。當時英國的鼠疫爆發被認爲是由荷蘭帶入的，因爲該地從1599年起就多次出現鼠疫疫情，最初進入英國的病源很可能便是那些從阿姆斯特丹開出的運送棉花的商船，而阿姆斯特丹本身在1663年至1664年亦同樣受鼠疫蹂躪，死亡民衆不少於5萬人。倫敦外圍的碼頭地區以及聖賈爾斯(St. Giles)教區首先遭殃，在這兩處地方生活的窮困工人成爲了鼠疫肆虐的第一羣犧牲者，由於社會最低下階層的患者都沒有被關注和記錄，因此倫敦大瘟疫的首宗正式個案是在1665年4月12日確診的女子麗蓓嘉.安德魯斯(Rebecca Andrews)。
同年7月，疫病已經進入倫敦內城區，時任英王查理二世連忙帶同家人和宮廷逃到牛津郡避難。雖然如此，倫敦市市府參事(the aldermen，地位僅次於市長)和其他主要當局官員都選擇了謹守崗位，倫敦市長羅倫斯先生(Sir John Lawrence)本人亦決定繼續留守在城中。當時倫敦市面上的絕大多數商業活動陷入癱瘓狀態，因爲富商們和各行各業的職人都已經紛紛撤離;只有少數品格高尚的牧師、醫生和藥劑師願意留下來，在疫症肆虐的整個夏天裏協助其他民衆生活。決意留下來與城市共患難的民衆裏面還包括了日記作者塞繆爾·佩皮斯(Samuel Pepys)以及住在東倫敦的馬鞍匠亨利·科爾(Henry/">Henry Foe):佩皮斯在他的日記簿裏面記下大瘟疫時期倫敦生活的點點滴滴;而科爾的外甥恰巧是《魯賓遜漂流記》作者丹尼爾·狄福(Daniel Defoe)，他在1722年推出的紀實小說經典《大疫年紀事》(A Journal of the Plague Year)便很可能源自當時親歷其境的科爾舅父的手稿。
當局的有關政策收效並不明顯，根據記錄指出倫敦的死亡人數仍舊在不斷攀升，從每星期1,000名犧牲者升到每星期2,000人死亡。到了1665年9月以後，每週更有7,000人死於疫病之中。情況一直至到冬季降臨纔有轉變，死亡人數開始逐步放緩。翌年2月，國王查理二世認爲首都的疫情已經受到控制，於是便與一衆隨行人員班師返回倫敦。不過，由於英國在瘟疫期間並沒有放棄外貿，中斷與歐洲大陸的商務來往，使到法國在接下來的冬天馬上遭殃，爆發出新一輪的鼠疫。
雖說疫情主要集中在倫敦市，但亦漸漸影響到英國的其他區域，最有名的例子包括打比郡的小鎮亞姆。有爭論指，瘟疫是在1665年8月跟着來自倫敦的衣料商人抵達當地的。村民們當機立斷，隨即自行實施隔離，斷絕所有對外的運輸往來和接觸，以阻止這種疾病進一步蔓延，由於這做法收效良好，最終鼠疫的傳播跡象在亞姆的周邊地區開始減緩，沒有再進一步向北侵襲。可惜的是亞姆本身卻付出了慘痛的代價，村內75%左右的居民死於該場瘟疫之中。
倫敦區的鼠疫個案也沒完全停下來，而是繼續零星地出現。直至1666年9月2日的倫敦大火摧毀了倫敦市中心的大部分地方，持續了4日4夜的漫天大火連倫敦地標聖保羅大教堂也燒掉，大約在同一時間，鼠疫疫情亦告徹底消失。但現在普遍認爲這只是一個偶發的巧合，鼠疫的滅絕與那場大火併沒有直接的關係，因爲它在火災前就已經有絕跡的趨勢;而且持續的零星個案都發生在倫敦的郊區地方，與受火災影響的市中心位置並不吻合。
