後醍醐天皇，爲日本鎌倉時代後期、南北朝時代初期第96代天皇，南朝初代天皇，諱尊治(たかはる)。後宇多天皇的次子，母談天門院藤原忠子。在德治三年(1308年)持明院統的花園天皇即位時，尊治親王被立爲皇太子。在文保二年(1318年)因爲花園天皇讓位之故以三十一歲的壯年登基，同年陰曆3月29日(4月30日)即位。
鎌倉幕府結束後實施建武新政，由於足利尊氏的反叛而南狩大和吉野，建立南朝政權(吉野朝廷)。
在德治三年(1308年)持明院統的花園天皇即位時，尊治親王被立爲皇太子。在文保二年(1318年)因爲花園天皇讓位之故以三十一歲的壯年登基，同年陰曆3月29日(4月30日)即位。
即位後的3年時間裏由父親後宇多法皇開設院政。根據後宇多法皇的願望，後醍醐天皇將哥哥後二條天皇的遺子邦良親王立爲皇太子;並將自己的兒子降爲親王，否定了其皇位繼承權。
這引起了後醍醐天皇的不滿，同法皇發生了矛盾。這也引起了鎌倉幕府的不滿，最終元亨元年(1321年)後宇多法皇的院政被廢止，後醍醐天皇親政。失去法皇這一保護傘的邦良親王后來也沒能即位。
倒幕
雖然鎌倉幕府在1274年和1281年兩次成功抗擊元朝的入侵，但受貨幣經濟影響，無法恩賞抗元官兵，導致了武士對幕府的不滿日益增高。後醍醐天皇積極籌備倒幕計劃。
正中元年(1324年)，鎌倉幕府發現了後醍醐天皇的倒幕企圖，責令六波羅探題將天皇身邊的日野資朝等人處分，史稱正中之變。鎌倉幕府不知該如何處置天皇，但天皇此後更加深了倒幕的意志，同醍醐寺的文觀、法勝寺的圓觀等僧人親近。
元德2年(1329年)假借爲中宮安產祈禱爲由，暗地裏爲征討關東祈願，並拉攏興福寺、延歷寺等寺社勢力的關係。但大覺寺統的貴族大多支持邦良親王，而持明院統的貴族則支持鎌倉幕府，後醍醐天皇陷入了孤立狀態。而且邦良親王病死後，鎌倉幕府指定持明院統的量仁親王爲皇太子，後醍醐天皇的皇位岌岌可危。
元弘元年(1331年)後醍醐天皇再次計劃倒幕，但被身邊的吉田定房告發;後醍醐天皇攜帶三神器逃出京都，以比睿山爲據點，舉兵討幕。但最後被包圍在了笠置山(今京都府相樂郡笠置町內)。幕府以絕對的兵力優勢攻陷了該城並逮捕了天皇。這就是元弘之亂。
流放和復歸
鎌倉幕府將策劃倒幕的後醍醐天皇廢黜，擁立持明院統的量仁親王即位，是爲光嚴天皇。而鎌倉幕府則商議，以承久之亂中策劃倒幕的後鳥羽上皇被流放隱岐島之事爲先例，將後醍醐天皇本人也流放到了隱岐島。次年後醍醐到達隱岐島。
但是當時倒幕的勢力，如護良親王、河內國的楠木正成、播磨國的赤松則村(圓心)等人，活躍於日本各地，紛紛表示效忠於後醍醐。元弘三年/正慶二年(1333年)後醍醐天皇在名和長年等人的幫助下逃離隱岐島，逃至伯耆國船上山(今鳥取縣東伯郡琴浦町內)舉兵討幕。
鎌倉幕府的執權北條守時派遣足利高氏(即後來的足利尊氏)前往征討，但足利高氏卻倒向了後醍醐一方，攻陷了幕府的六波羅探題。此後新田義貞在東國舉兵，攻陷鎌倉，北條氏和鎌倉幕府一起滅亡了。
建武新政
回到京都的後醍醐天皇不承認光嚴天皇皇位的合法性，尊之爲上皇，剝奪了他所有權力。同時廢除了幕府和攝關制度，建立了天皇獨裁政權，由天皇自行任免官職。這就是歷史上的建武新政。同時廢去了邦良親王遺孤康仁親王的皇位繼承權，將自己的兒子恆良親王立爲皇太子。
建武新政表面上是復古，事實上建立了天皇專制政權。而且其激進的改革、恩賞的不公平、朝令夕改的法令和政策以及對貴族、大寺社、武士等較大勢力集團權利的侵害，最終導致了新政的失敗。公卿們也對新政持冷漠態度，著名的二條河原落書就對新政的無能進行了批判。同時，徵夷大將軍護良親王在倒幕中功勳卓著，但在足利尊氏的讒言下，被天皇放逐到了鎌倉。
足利尊氏的反叛
建武二年(1335年)，足利尊氏借鎮壓中先代之亂的契機前往東國，鎮壓成功之後在鎌倉自行封賞有功的將領，與新政對抗。
後醍醐天皇命新田義貞前往征討，義貞在箱根竹之下之戰中敗北，尊氏迫近京都。但隨後楠木正成、北畠顯家在京都擊破尊氏，尊氏逃往九州島。翌年足利尊氏在九州站穩了腳跟，得到了光嚴上皇的院宣，再次迫近京都。
楠木正成建議同足利尊氏談判，同時遷都以疲敵軍，但被後醍醐天皇拒絕了。新田義貞、楠木正成一起討伐尊氏，在湊川之戰中戰敗，正成戰死，義貞逃回京都。
南北朝時代
足利軍入京後，後醍醐天皇逃往比睿山抵抗。足利尊氏建議達成和解，後醍醐天皇將三神器交出。尊氏讓光嚴上皇開設院政，並由持明院統的光明天皇即位，制定建武式目，開設室町幕府。
後醍醐天皇從幽禁地花山院中逃出，聲稱交給足利尊氏的三神器是贗品，自己本人逃到了大和國的吉野(今奈良縣吉野郡吉野町)，開設南朝朝廷，從此開始了日本的南北朝時代。
後醍醐天皇讓新田義貞奉尊良親王和恆良親王前往北陸;懷良親王爲徵西將軍，前往九州;宗良親王前往東國;義良親王前往陸奧。向各地送出皇子鎮守，與北朝和室町幕府對抗。
延元四年/歷應二年(1339年)八月十五，後醍醐天皇讓位給了回到吉野的義良親王(後村上天皇)，翌日遺言"討滅朝敵、奪回京都"，在吉野的金輪王寺駕崩，享年52歲(滿50歲)。
攝津國住吉行宮的後村上天皇，命令南朝下屬的住吉大社宮司津守氏在莊嚴淨土寺爲後醍醐天皇舉行大法要。同時足利尊氏爲了弔唁後醍醐天皇，在京都建立天龍寺。
